Perbezaan utama antara contig dan scaffold ialah contig tidak mempunyai celah manakala scaffold terdiri daripada contigs dan celah.
Penjujukan genom organisma multisel adalah sangat sukar berbanding dengan penjujukan organisma unisel. Penjujukan senapang patah genom keseluruhan ialah teknik penjujukan genom yang mudah dan pantas untuk genom multiselular. Ia adalah kaedah yang mengurutkan banyak serpihan DNA yang bertindih secara selari. Dalam kaedah ini, serpihan kecil dihimpunkan menjadi serpihan yang lebih besar dan kemudian menjadi serpihan yang lebih besar menggunakan komputer. Kemudian contigs dipasang menjadi perancah dan akhirnya menjadi kromosom. Oleh itu, contig ialah regangan jujukan nukleotida yang berterusan manakala perancah adalah sebahagian daripada genom yang terdiri daripada contigs dan gap. Kedua-dua contig dan scaffold ialah jujukan genomik yang dibina semula.
Apakah itu Contig?
Contig ialah jujukan genomik. Ia adalah regangan jujukan berterusan yang terdiri daripada asas A, C, G dan T. Ia dibentuk dengan menyusun beberapa bit DNA yang bertindih kecil ke dalam urutan yang lebih panjang. Dengan kata mudah, contig ialah himpunan set serpihan jujukan. Penciptaan contig melibatkan pengenalpastian serpihan jujukan bertindih berdasarkan padanan rentetan tempatan dan kaedah penjajaran yang mengenal pasti hujung jujukan yang bertindih.
Contigs tidak mempunyai jurang. Ia adalah sebahagian daripada perancah. Contigs dirantai bersama semasa membuat perancah. Ia memerlukan maklumat tambahan tentang kedudukan relatif dan orientasi contigs dalam genom. Jurang memisahkan contigs dalam perancah. Pada asasnya, pemasangan contig adalah langkah penting dalam penjujukan senapang patah genom keseluruhan. Contigs dipasang akhirnya menjadi urutan genomik yang lengkap. Pemasangan contig biasanya memerlukan pemahaman algoritma dalam padanan rentetan dan penjajaran jujukan.
Apakah itu Perancah?
Perancah ialah jujukan genom yang dibina semula daripada klon senapang patah genom keseluruhan jujukan hujung. Secara struktur, perancah terdiri daripada contigs dan celah. Oleh itu, perancah dicipta dengan merantai contigs bersama-sama dan memisahkannya dengan celah. Penciptaan perancah memerlukan maklumat mengenai kedudukan relatif dan orientasi contigs dalam genom. Pemasangan senapang patah genom keseluruhan bertujuan untuk mewakili setiap jujukan genom dalam satu perancah. Tetapi, ia tidak begitu mungkin. Oleh itu, satu kromosom boleh diwakili oleh beberapa perancah. Kadang-kadang perancah boleh bertindih. Selain itu, beberapa perancah boleh ditapis semasa pemasangan.
Rajah 02: Gambaran Keseluruhan Pemasangan Senapang patah Genom Seluruh
Panjang jurang perancah tidak menunjukkan panjang sebenar. Secara amnya, jurang ditetapkan sewenang-wenangnya kepada panjang tetap tertentu. Oleh itu, jurang dan ketidakpastian dalam panjangnya menimbulkan masalah dalam memahami hubungan ruang sebenar unsur-unsur berfungsi dalam genom dan tahap sebenar maklumat yang hilang. Kadangkala jurang mewakili maklumat genom yang hilang.
Apakah Persamaan Antara Contig dan Scaffold?
- Contig dan scaffold ialah jujukan genomik yang terdiri daripada jujukan nukleotida.
- Scaffolds terdiri daripada contigs dan celah.
Apakah Perbezaan Antara Contig dan Scaffold?
Contig ialah jujukan berterusan yang dipasang daripada set serpihan jujukan. Sebaliknya, perancah ialah sebahagian daripada jujukan genom yang dibina semula dengan merantai contigs bersama-sama. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara contig dan scaffold. Selain itu, contigs tidak mempunyai celah manakala contigs dalam scaffold dipisahkan oleh celah.
Di bawah maklumat grafik menjadualkan lebih banyak perbezaan antara contig dan perancah.
Ringkasan – Contig lwn Scaffold
Kedua-dua contig dan scaffold ialah urutan nukleotida yang dibina semula dalam projek penjujukan genom keseluruhan. Contig ialah regangan jujukan genomik berterusan yang mengandungi asas A, C, G dan T tanpa jurang. Perancah adalah urutan genomik yang terdiri daripada contigs dan gaps. Oleh itu, komponen pemasangan terpendek ialah contigs manakala perancah adalah himpunan contigs. Akhirnya, perancah dipasang menjadi kromosom dalam penjujukan genom keseluruhan. Oleh itu, ini meringkaskan perbezaan antara contig dan scaffold.
