Perbezaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly ialah Golden Gate bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon, manakala Gibson Assembly tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon.
Sejak dekad yang lalu, saintis molekul telah membangunkan pelbagai prosedur piawai yang membolehkan pemasangan lebih mudah bagi beberapa serpihan DNA menjadi satu bahagian. Oleh itu, kaedah pengklonan seperti Ligasi Enzim Sekatan, Pengklonan Gerbang, Perhimpunan Gibson, Perhimpunan Golden Gate, dan Pengklonan TOPO digunakan secara meluas oleh penyelidik dalam eksperimen saintifik. Oleh itu, Golden Gate dan Gibson Assembly ialah dua kaedah pengklonan molekul yang membenarkan pemasangan berbilang serpihan DNA menjadi satu bahagian.
Apakah itu Perhimpunan Golden Gate?
Golden Gate ialah kaedah pengklonan molekul yang memudahkan pemasangan berbilang serpihan DNA menjadi satu bahagian. Kaedah ini bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon. Ia berasal pada tahun 1996. Teknik ini menggunakan enzim sekatan Jenis IIS dan ligase DNA T4. Enzim ini memotong DNA di luar tapak pengecaman. Mereka boleh mencipta overhang bukan palindromik. Oleh itu, berbilang serpihan DNA boleh dipasang menggunakan gabungan jujukan tidak terjual.
Rajah 01: Golden Gate
Tatacara Perhimpunan Pintu Emas
Teknik Golden Gate mempunyai tiga langkah utama dalam prosedurnya:
- penciptaan tidak terjual dalam vektor pengklonan,
- pemasangan beberapa sisipan DNA dengan menggunakan jujukan khusus serpihan dalam overhang, dan
- ligation.
Perhimpunan Golden Gate menggunakan vektor pengklonan bulat (vektor destinasi). Tambahan pula, dalam kaedah ini, tapak sekatan disingkirkan daripada produk yang diikat untuk menjalankan penghadaman dan pengikatan secara serentak. Protokol kitaran haba biasa untuk Golden Gate berayun antara 37 °C dan 16 °C kerana 37 °C adalah optimum untuk enzim sekatan dan 16 °C adalah optimum untuk ligase.
Apakah itu Perhimpunan Gibson?
Gibson Assembly ialah kaedah pengklonan molekul yang membolehkan pemasangan berbilang serpihan DNA menjadi satu bahagian. Tidak seperti kaedah Golden Gate, kaedah ini tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon. Ia ditemui oleh Daniel G. Gibson dari J. Craig Venter Institute. Teknik ini ialah sejenis kaedah pengklonan bebas jujukan dan ligase (SLIC).
Rajah 02: Perhimpunan Gibson
Tatacara Perhimpunan Gibson
Gibson Assembly memerlukan serpihan DNA yang mengandungi 20-40 pasangan asas yang bertindih dengan serpihan DNA bersebelahan. Pertindihan ditambah melalui PCR. Kemudian serpihan DNA ini ditambah kepada campuran Gibson maser yang mempunyai tiga enzim. Prosedur ini dijalankan dalam keadaan isoterma (50 °C selama 1 jam) menggunakan tiga enzim berbeza: exonuclease, DNA polimerase dan DNA ligase. Exonuclease mengunyah kembali DNA dari hujung 5'. Oleh itu, ia tidak menghalang aktiviti polimerase dan membenarkan tindak balas diteruskan dalam satu proses tunggal. Kawasan beruntai tunggal yang terhasil pada serpihan DNA bersebelahan boleh disepuh disebabkan oleh jujukan bertindih. DNA polimerase mengisi celah dengan menambahkan nukleotida. Akhirnya, ligase DNA secara kovalen bergabung dengan DNA segmen bersebelahan. Biasanya, Gibson Assembly menggunakan vektor destinasi linear. Selain itu, kaedah ini boleh menggabungkan sehingga 15 serpihan DNA secara serentak berdasarkan persamaan urutan.
Persamaan Antara Golden Gate dan Perhimpunan Gibson
- Golden Gate dan Gibson Assembly ialah dua kaedah pengklonan molekul.
- Kedua-dua kaedah boleh memasang berbilang serpihan DNA menjadi satu bahagian.
- Kaedah ini menggunakan vektor destinasi.
- Kedua-dua kaedah menggunakan kitar haba untuk pemasangan berbilang serpihan DNA.
- Ia digunakan dalam mutagenesis terarah tapak.
Perbezaan Antara Golden Gate dan Perhimpunan Gibson
Golden Gate ialah kaedah pengklonan molekul yang digunakan dalam pemasangan berbilang serpihan DNA ke dalam satu bahagian bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon, manakala Gibson Assembly ialah kaedah pengklonan molekul yang digunakan dalam pemasangan berbilang serpihan DNA ke dalam satu bahagian tanpa bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon. Ini adalah perbezaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly. Tambahan pula, kaedah Golden Gate menggunakan vektor destinasi bulat, manakala kaedah Gibson Assembly menggunakan vektor destinasi terlinear.
Infografik berikut menjadualkan perbezaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly.
Ringkasan – Golden Gate lwn Gibson Assembly
Pengklonan molekul ialah kaedah yang digunakan untuk memasang molekul DNA rekombinan dan mengarahkan replikasinya dalam organisma perumah. Golden Gate dan Gibson Assembly ialah dua kaedah pengklonan molekul yang membenarkan pemasangan berbilang serpihan DNA menjadi satu bahagian. Kaedah Golden Gate bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon, manakala Gibson Assembly tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly.
