Perbezaan utama antara NGS dan WGS ialah penjujukan generasi akan datang (NGS) ialah teknologi penjujukan generasi kedua selari secara besar-besaran yang mempunyai daya pemprosesan yang tinggi, kos rendah dan pantas, manakala penjujukan genom keseluruhan (WGS) adalah kaedah komprehensif untuk menganalisis keseluruhan DNA genomik sel pada satu masa dengan menggunakan teknik penjujukan seperti penjujukan Sanger, pendekatan senapang patah atau penjujukan NGS throughput tinggi.
Dalam beberapa dekad yang lalu, pemahaman tentang genom manusia dan haiwan lain telah meningkat secara besar-besaran disebabkan oleh penemuan teknik penjujukan pantas dan alat bioinformatik. Teknik penjujukan konvensional seperti penjujukan Sanger mempunyai batasannya, yang memerlukan pembangunan kaedah penjujukan pantas baharu seperti penjujukan generasi akan datang (NGS) dan penjujukan nanopori. Teknik penjujukan genom keseluruhan (WGS) ialah pendekatan terkini yang telah digunakan dalam banyak projek penyelidikan genom, seperti 100, 000 projek genomik oleh Genomic England, UK. Jadi, NGS dan WGS ialah dua kaedah penjujukan yang kini digabungkan dalam banyak projek genomik.
Apakah NGS?
NGS (penjujukan generasi seterusnya) ialah teknologi penjujukan generasi kedua selari secara besar-besaran yang mempunyai daya pemprosesan tinggi, kos rendah dan pantas. Tiada definisi yang tepat untuk penjujukan generasi akan datang. Tetapi kita boleh membezakannya dengan jelas daripada teknik penjujukan berasaskan kapilari konvensional. Penjujukan generasi seterusnya membolehkan penjujukan molekul DNA dengan jumlah saiz lebih besar daripada 1 juta pasangan asas dalam satu eksperimen. Ia menawarkan kelajuan yang tidak pernah berlaku sebelum ini dan pilihan pemprosesan yang tinggi, seperti membenarkan penjujukan DNA berbilang individu pada masa yang sama. Ini dicapai dengan mengecilkan volum tindak balas penjujukan individu. Selain itu, ini juga mengehadkan saiz instrumen dan meminimumkan kos reagen setiap tindak balas.
Rajah 01: Platform NGS
NGS ialah kaedah penjujukan bacaan pendek yang telah merevolusikan bidang penyelidikan biologi. Tambahan pula, NGS digunakan dalam pelbagai bidang seperti penjujukan genom de novo, penjujukan genom keseluruhan, analisis transkrip, penjujukan RNA kecil dan mikro RNA, penjujukan semula disasarkan dan penjujukan keseluruhan-exome.
Apakah itu WGS?
WGS (penjujukan genom keseluruhan) ialah kaedah komprehensif untuk menganalisis keseluruhan DNA genomik sel pada satu masa dengan menggunakan teknik penjujukan seperti penjujukan Sanger, pendekatan senapang patah atau penjujukan NGS throughput tinggi. Ia juga dikenali sebagai penjujukan genom penuh atau penjujukan genom lengkap. Penjujukan genom keseluruhan memerlukan penjujukan semua DNA kromosom organisma serta DNA dalam mitokondria, dan untuk tumbuhan, DNA dalam kloroplas pada satu masa. WGS membolehkan saintis membaca urutan tepat semua huruf yang membentuk set lengkap DNA. WGS menggunakan platform NGS dijangka merevolusikan persediaan klinikal.
Rajah 02: WGS lwn Hierarki Shotgun Sequencing
Penjujukan genom keseluruhan telah diperkenalkan kepada penjagaan klinikal pada 2014. Tambahan pula, aplikasi WGS melibatkan penjujukan gen pada peringkat SNP untuk menentukan varian fungsi dalam kajian persatuan, campur tangan terapeutik dalam perubatan peribadi, biologi evolusi, analisis genomik perbandingan, kajian mutasi dan penyusunan semula, kajian persatuan varian yang jarang berlaku, dan meramalkan kerentanan penyakit serta tindak balas dadah.
Apakah Persamaan Antara NGS dan WGS?
- NGS dan WGS ialah dua teknik penjujukan.
- Kedua-dua teknik sama ada urutan DNA atau RNA.
- Teknik ini baharu dan boleh dipercayai.
- Kedua-duanya digunakan dalam mendiagnosis penyakit dan penemuan ubat.
Apakah Perbezaan Antara NGS dan WGS?
NGS ialah teknologi penjujukan generasi kedua selari secara besar-besaran yang mempunyai daya pemprosesan tinggi, kos rendah dan pantas, manakala WGS ialah kaedah komprehensif untuk menganalisis keseluruhan DNA genomik sel pada satu masa dengan menggunakan teknik penjujukan seperti sebagai penjujukan Sanger, pendekatan senapang patah atau penjujukan NGS throughput tinggi. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara NGS dan WGS. Selain itu, NGS hanya terdiri daripada kaedah penjujukan generasi kedua manakala WGS terdiri daripada kaedah penjujukan generasi pertama, kedua dan ketiga.
Jadual berikut menunjukkan perbezaan antara NGS dan WGS dalam bentuk jadual untuk perbandingan sebelah menyebelah.
Ringkasan – NGS lwn WGS
Dalam dekad yang lalu, teknik penjujukan yang berbeza telah digunakan secara rutin dalam penyelidikan molekul kontemporari. Malah ia adalah alat yang sangat berkuasa untuk banyak aplikasi klinikal. NGS dan WGS ialah dua kaedah penjujukan yang kini digabungkan dalam banyak projek genomik. NGS ialah teknologi penjujukan generasi kedua yang mempunyai daya pemprosesan tinggi, kos rendah dan pantas. Sebaliknya, WGS ialah kaedah menganalisis keseluruhan DNA genom atau DNA genomik penuh sel pada satu masa dengan menggunakan teknik penjujukan seperti penjujukan Sanger, pendekatan senapang patah atau penjujukan NGS throughput tinggi. Jadi, ini ialah ringkasan perbezaan antara NGS dan WGS.
