Perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix ialah helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein manakala helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA.
Motif protein ialah jujukan terpelihara pendek yang dikaitkan dengan fungsi DNA yang berbeza. Ia terutamanya dikaitkan dengan tapak struktur khas dengan kimia atau fungsi biologi yang unik. Motif ini mengandungi kawasan kecil struktur tiga dimensi asid amino dengan molekul protein yang berbeza. Kebiasaannya, motif individu hanya mengandungi beberapa elemen sahaja. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix mengandungi tiga elemen. Motif struktur protein mereka termasuk gelung dengan panjang yang berbeza-beza dan struktur yang tidak ditentukan.
Apakah itu Helix-Loop-Helix?
Helix-loop-helix (HLH) ialah motif struktur protein yang mentakrifkan salah satu keluarga terbesar faktor transkripsi dimerisasi. Faktor transkripsi ini mengandungi sisa-sisa asid amino untuk memudahkan mekanisme pengikatan DNA, dan ia adalah dimerik. Motif struktur protein mengandungi dua heliks α, dan ia disambungkan dengan gelung. Satu heliks kelihatan lebih kecil daripada dua heliks, dan fleksibiliti gelung membolehkan dimerisasi dengan membungkus dan melipat terhadap heliks lain. Heliks yang kelihatan lebih besar biasanya mengandungi kawasan pengikat DNA. Protein HLH mengikat kepada urutan konsensus yang dikenali sebagai E-box. Urutan konsensus ialah susunan terkira yang mengandungi sisa nukleotida atau asid amino. E-box ialah elemen yang bertindak balas kepada DNA dalam sesetengah eukariota yang bertindak sebagai tapak pengikat protein dan mengawal ekspresi gen.
Rajah 01: Motif heliks-gelung-helix
Faktor transkripsi HLH adalah penting untuk pembangunan dan aktiviti sel. Protein HLH kebanyakannya tergolong dalam enam kumpulan, yang ditunjukkan dari huruf A hingga F. Faktor transkripsi yang termasuk dalam setiap kumpulan ialah:
Kumpulan A: MyoD, Myf5, Beta2/NeuroD1, Scl, p-CaMK, NeuroD dan Neurogenin, kumpulan B: MAX, C-Myc, N-Myc dan TCF4
Kumpulan C: AhR, BMAL-1-CLOCK, HIF, NPAS1, NPAS3 dan MOP5
Kumpulan D; EMC
Kumpulan E: HEY1 dan HEY2
Kumpulan F: EBF1
Memandangkan kebanyakan faktor transkripsi HLH adalah heterodimerik, dimerisasi selalunya mengawalnya.
Apakah itu Helix-Turn-Helix?
Helix-turn-helix (HTH) ialah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer disusun dengan dua heliks α dan dicantumkan oleh helai asid amino pendek. Ini mengikat pada alur dalam heliks DNA. Motif HTH biasanya mengawal ekspresi gen. Pengecaman dan pengikatan HTH kepada DNA dilakukan oleh dua heliks α. Satu heliks menduduki hujung N-terminal manakala satu lagi berada di C-terminus. Dalam kebanyakan senario, heliks menjalankan pengiktirafan DNA. Oleh itu, ia dikenali sebagai heliks pengecaman. Pengikatan pada alur dalam DNA berlaku melalui satu siri interaksi Van der Waals dan ikatan hidrogen dengan bes yang terdedah. α-helix yang lain menstabilkan interaksi protein dan DNA dan tidak memainkan peranan utama dalam pengiktirafan. Walau bagaimanapun, heliks pengecaman dan heliks yang tinggal mempunyai orientasi yang sama.
Rajah 02: Helix-turn-helix bagi keluarga TetR
HTH dikelaskan mengikut struktur dan susunan ruang heliks. Jenis utama adalah di-heliks, tri-heliks, tetra-heliks, dan HTH bersayap. Jenis di-heliks ialah jenis paling ringkas dengan dua heliks dan domain protein lipat bebas. Jenis tri-heliks terdapat dalam pengaktif transkrip Myb. Jenis tetra-heliks mempunyai heliks terminal C tambahan. Akhirnya, HTH bersayap dibentuk oleh 3- berkas heliks dan 3- atau 4- helai beta helaian.
Apakah Persamaan Antara Helix-Loop-Helix dan Helix-Turn-Helix?
- Helix-loop-helix dan helix-turn-helix ialah motif struktur protein.
- Kedua-duanya mengandungi penyebut biasa dalam faktor transkripsi asas dan khusus.
- Ia terdapat dalam eukariota.
Apakah Perbezaan Antara Helix-Loop-Helix dan Helix-Turn-Helix?
Helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein, manakala helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix. Selain itu, HLH mengandungi proto-onkogen dan gen tertentu yang terlibat dalam faktor transkripsi pengekodan pembezaan manakala HTH mengandungi banyak gen homeotik yang kod untuk faktor transkripsi. Selain itu, heliks-gelung-helix terutamanya terdiri daripada alfa-heliks yang disambungkan oleh gelung, manakala heliks-putar-helix terutamanya terdiri daripada gelung yang disambungkan oleh dirian asid amino pendek membentuk alur.
Maklumat di bawah menunjukkan perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix dalam bentuk jadual untuk perbandingan sebelah menyebelah.
Ringkasan – Helix-Loop-Helix lwn Helix-Turn-Helix
Motif protein ialah jujukan terpelihara pendek yang dikaitkan dengan fungsi DNA yang berbeza. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix ialah dua jenis motif struktur protein. Perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix ialah helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein, manakala helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA. HLH ialah motif struktur protein yang mentakrifkan salah satu keluarga terbesar faktor transkripsi dimerisasi. Motif struktur protein mengandungi dua heliks α, dan ia disambungkan dengan gelung. HTH ialah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer disusun dengan dua heliks α, dan dicantumkan oleh helai asid amino pendek dan terikat pada alur dalam heliks DNA. Jadi, ini meringkaskan perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix.
