Perbezaan utama antara metagenomik dan metatranskriptomi bergantung pada jenis biomolekul yang dikaji di setiap kawasan. Metagenomik mengkaji DNA, jujukannya dan tingkah lakunya dalam organisma, manakala metatranskriptomi mengkaji DNA yang ditranskripsi, terutamanya jujukan mRNA dan tingkah lakunya dalam organisma.
Metagenomics dan metatranscriptomics ialah dua bidang yang telah mendapat banyak populariti selama bertahun-tahun berhubung dengan komuniti mikrob. Mereka penting dalam penjagaan kesihatan, industri dan bioteknologi pertanian. Kedua-dua metagenomik dan metatranskriptomi membenarkan kajian organisma individu dalam komuniti dan peranan fungsinya yang sama ada bermanfaat atau berbahaya.
Apakah itu Metagenomik?
Metagenomics ialah bidang kajian yang meneroka asid Deoksiribonukleik (DNA). Ia paling relevan kepada komuniti mikrob. Juga, ia adalah bidang yang lebih maju berbanding dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisma tertentu berlaku. Walau bagaimanapun, metagenomik melibatkan analisis bahan genetik merentasi komuniti organisma. Oleh itu, ini membolehkan mengkaji tingkah laku komuniti organisma yang berkaitan dengan satu keadaan atau satu persekitaran.
Rajah 01: Metagenomik
Teknik utama yang terlibat dalam kajian metagenomik ialah Penjujukan Generasi Seterusnya (NGS) yang menggunakan teknologi tatasusunan mikro. Kaedah NGS boleh menganalisis pelbagai organisma dalam satu tindak balas untuk kehadiran atau ketiadaan urutan DNA tertentu. Urutan DNA ini mungkin bertanggungjawab untuk satu keadaan penyakit atau keadaan persekitaran. Oleh itu, dengan menggunakan pengetahuan metagenomik, saringan organisma boleh dilakukan dengan mudah dan tepat. Penjujukan semasa NGS berlaku dalam bacaan pendek dan pemprofilan DNA organisma berlaku. Urutan DNA 16s ialah jujukan popular yang dikaji dalam metagenomik berkaitan mikroorganisma.
Mengikuti urutan komuniti organisma, penjajaran jujukan perlu dilakukan. Alat seperti alat Urutan Penjajaran Tempatan Asas (BLAST) sedang digunakan untuk memenuhi tugas penjajaran. Mengikuti penjajaran, pokok filogenetik menyediakan perhubungan setiap organisma dalam komuniti dan butiran mengenai kelakuannya.
Apakah itu Metatranscriptomics?
Metatranscriptomics ialah bidang kajian yang berkaitan dengan transkriptom sesuatu organisma. Transkrip membentuk keseluruhan urutan RNA yang ditranskripsi semasa transkripsi DNA. Urutan mRNA yang terdapat dalam transkrip memberikan maklumat mengenai ekspresi genetik. Metatranscriptomics ialah analisis berbilang transkriptom merentas populasi atau komuniti.
Rajah 02: Analisis Transkriptom
Kajian metatranskriptomi juga menggunakan teknologi microarray untuk mencari jujukan jujukan bacaan pendek. Selain itu, metatranscriptomics juga melibatkan analisis bioinformatik yang menyeluruh menggunakan alat penjajaran dan kaedah mereka bentuk pokok. Walau bagaimanapun, bidang metatranskriptomi jauh lebih sukar berbanding dengan metagenomik. Pengekstrakan mRNA atau RNA secara keseluruhan tidak semudah yang kelihatan. Memandangkan RNA sangat terdedah kepada kemusnahan dan mempunyai masa hidup yang sangat singkat, penyelenggaraan dan penyimpanan ini boleh menjadi pertanyaan yang mungkin.
Apakah Persamaan Antara Metagenomics dan Metatranscriptomics?
- Metagenomics dan metatranscriptomics ialah teknik throughput tinggi untuk menganalisis komuniti organisma, terutamanya komuniti mikrob.
- Kedua-dua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan penemuan.
- Hasil yang diperoleh selalunya dianalisis menggunakan penjajaran BLAST dan pokok Phylogenetic.
- Selain itu, kedua-dua teknik tidak tertumpu pada satu organisma, tetapi organisma kumpulan atau komuniti.
- Selain itu, kedua-dua konsep ini juga dikaji kebanyakannya berkaitan dengan mikrob – sebab utama ialah kepelbagaian peranan mereka dimainkan.
Apakah Perbezaan Antara Metagenomics dan Metatranscriptomics?
Metagenomics dan Metatranscriptomics melibatkan analisis bahan genetik dalam komuniti organisma. Oleh itu, metagenomik membimbangkan corak dan urutan DNA manakala metatranskriptomi merujuk kepada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsi. Jadi, ini ialah perbezaan utama antara metagenomik dan metatranskriptomics.
Selain itu, prosedur pengekstrakan berbeza dalam kedua-dua teknik; metagenomik melibatkan prosedur pengekstrakan DNA dan metatranscriptomic melibatkan prosedur pengekstrakan RNA. Oleh itu, ini juga merupakan perbezaan yang ketara antara metagenomik dan metatranskriptomics.
Infografik di bawah meringkaskan perbezaan antara metagenomik dan metatranskriptomi:
Ringkasan – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomics dan metatranscriptomics ialah bidang kajian baru yang menganalisis komuniti organisma untuk keadaan tertentu. Oleh itu, metagenomik merujuk kepada analisis urutan DNA. Sebaliknya, metatranscriptomics merujuk kepada analisis jujukan RNA atau produk DNA yang ditranskripsi. Dalam hal ini, metatranscriptomics membolehkan pengenalpastian ekspresi gen untuk kes tertentu. Kedua-duanya penting dalam menganalisis mutasi dan kesannya. Ini adalah teknik yang pantas dan lebih dipercayai yang digunakan dalam diagnosis awal. Oleh itu, ini ialah ringkasan perbezaan antara metagenomik dan metatranskriptomi.
