Perbezaan Utama – Pengikatan Tumpul vs Melekit
Endonucleases sekatan ialah enzim khusus yang memotong DNA untai dua (dsDNA). Mereka juga dikenali sebagai gunting molekul dalam biologi Molekul. Enzim sekatan dapat mengenali jujukan pendek khusus dsDNA yang dikenali sebagai tapak pengecaman dan membelah ikatan fosfodiester dan hidrogen untuk membuka helai berganda. Hasil daripada pembelahan oleh enzim ini, serpihan DNA dihasilkan dengan jenis hujung yang berbeza seperti hujung melekit dan hujung tumpul. Ligase DNA ialah enzim yang digunakan dalam biologi Molekul untuk menyambung dua helai DNA bersebelahan dengan membentuk ikatan baru. Langkah itu dikenali sebagai pengikatan dan mengikut jenis pengikatan hujung DNA, ia boleh dirujuk sebagai pengikatan hujung tumpul dan pengikatan hujung melekit. Perbezaan utama antara pengikatan hujung tumpul dan melekit ialah pengikatan hujung tumpul berlaku di antara serpihan DNA yang mengandungi dua hujung tumpul manakala pengikatan hujung melekit berlaku antara 5’ dan 3’ pengikat. Berbanding dengan pengikatan hujung tumpul, pengikatan hujung melekit adalah lebih cekap dan stabil.
Apakah itu Ligasi Hujung Tumpul?
Sesetengah endonuklease sekatan boleh memotong DNA pada pangkalan yang bertentangan dan menghasilkan serpihan DNA hujung yang tumpul. Enzim ini dikenali sebagai pemotong hujung tumpul; mereka membelah terus ke tengah-tengah tapak sekatan tanpa meninggalkan satu tapak terkandas berjuntai. Hujung tumpul juga dikenali sebagai hujung tidak berjuntai kerana ia tidak mempunyai tapak berjuntai 3’ dan 5’ di hujungnya. Kedua-dua helai berakhir dari pasangan asas di hujung tumpul. Enzim pemotongan hujung tumpul yang biasa ialah EcoRV HaeIII, AluI dan SmaI.
Pengikatan hujung tumpul terlibat antara dua hujung tumpul. Ia bukan pengikatan asas yang menonjol. Pengikatan ini kurang cekap daripada pengikatan hujung melekit. Walau bagaimanapun, dalam beberapa keadaan, pengikatan hujung tumpul menjadi lebih berfaedah daripada pengikatan hujung melekit, terutamanya apabila mengikat produk PCR. Produk PCR sentiasa dihasilkan dengan hujung tumpul. Pengikatan hujung tumpul tidak memerlukan hujung pelengkap dalam DNA untuk pengikatan.
Rajah 01: Pengeluaran hujung tumpul oleh enzim Eco RV
Apakah itu Ligasi Akhir Melekit?
Sesetengah endonuklease sekatan dapat memotong dsDNA, meninggalkan sekeping DNA untai tunggal yang tergantung di hujungnya. Hujung ini dikenali sebagai hujung melekit atau berjuntai. Pengikatan hujung melekit berlaku di antara dua serpihan DNA yang mengandungi overhang yang sepadan kerana hujung melekit dimiliki dengan tapak yang tidak berpasangan dan memerlukan tapak pelengkap untuk membentuk ikatan. Oleh itu, adalah perlu untuk menggunakan enzim sekatan yang sama untuk kedua-dua sumber DNA untuk menghasilkan serpihan pengikat yang sepadan.
Pengikatan hujung melekit adalah lebih cekap dan selalunya sangat diingini dalam proses pengklonan. Terdapat beberapa enzim sekatan yang menghasilkan hujung melekit. Mereka ialah EcoRI, BamHI, HindIII dll.
Rajah 02: Pengeluaran hujung melekit oleh enzim Eco RI
Apakah perbezaan antara Blunt dan Sticky End Ligation?
Ikatan Tumpul lwn Melekit |
|
| Pengikatan hujung tumpul berlaku di antara dua serpihan DNA hujung tumpul. | Pengikatan hujung melekit berlaku antara dua serpihan DNA yang sepadan dengan hujung melekit. |
| Enzim | |
| Pemotong hujung tumpul menghasilkan hujung tumpul. | Pemotong hujung melekit menghasilkan hujung melekit atau padu. |
| Keperluan Pemadanan Tamat | |
| Ia tidak memerlukan serpihan yang sepadan atau asas pelengkap. | Ia memerlukan tapak pelengkap di hujung untuk membentuk pasangan asas. |
| Kecekapan | |
| Ia kurang cekap daripada pengikatan hujung melekit | Ia lebih cekap daripada pengikatan hujung tumpul. |
Ringkasan – Ligasi Tumpul vs Melekit
Endonucleases sekatan mampu membelah dsDNA dan menghasilkan serpihan DNA dengan hujung yang berbeza. Mereka mengenali urutan tertentu dan menyekat DNA yang menghasilkan hujung melekit dan tumpul. Hujung melekit mempunyai tapak yang tidak berpasangan di hujung serpihan. Hujung tumpul tercipta kerana belahan lurus dan ia mempunyai pasangan asas di hujungnya. Pengikatan hujung melekit memerlukan dua kepingan DNA untai tunggal yang saling melengkapi. Pengikatan hujung tumpul berlaku di antara mana-mana dua serpihan hujung tumpul. Ini ialah perbezaan antara pengikatan tumpul dan melekit.
