Perbezaan utama antara FASTA dan FASTQ ialah FASTA ialah format berasaskan teks yang hanya menyimpan jujukan nukleotida atau protein, manakala FASTQ ialah format berasaskan teks yang menyimpan kedua-dua jujukan dan nilai kualiti jujukan yang berkaitan.
Bioinformatik ialah bidang yang menggunakan perisian berbeza untuk menganalisis dan memahami data biologi, terutamanya apabila set data adalah kompleks dan besar. Bidang ini menggabungkan biologi, kimia, fizik, sains komputer, kejuruteraan maklumat, matematik dan statistik untuk menganalisis dan mentafsir data biologi. FASTA dan FASTQ ialah dua format perwakilan jujukan dalam bidang bioinformatik untuk menyelaraskan dan menganalisis jujukan. Sebenarnya, FASTQ ialah format fail jujukan yang memanjangkan format FASTA dengan keupayaan untuk menyimpan kualiti jujukan.
Apakah itu FASTA?
FASTA ialah perisian penjajaran untuk urutan DNA dan protein. Perisian FASTA menggunakan format FASTA. Ia ialah format berasaskan teks yang mewakili sama ada jujukan nukleotida atau jujukan asid amino (protein). Di sini, kod huruf tunggal mewakili kedua-dua jujukan ini. FASTA ialah alat penting dalam bidang bioinformatik dan biokimia. Format ini membenarkan nama jujukan dan ulasan mendahului jujukan.
Rajah 01: Urutan FASTA
Format ini berasal daripada perisian FASTA dan telah diperkenalkan oleh David J. Lipmann dan William R. Pearson pada tahun 1985. Alat FASTA mempunyai banyak pengubahsuaian dari semasa ke semasa, dan versi terkini terdiri daripada program untuk protein:protein, DNA:DNA, protein:terjemahan DNA (dengan anjakan bingkai) dan carian peptida tersusun atau tidak tertib. FASTA membaca urutan nukleotida atau asid amino tertentu dan mencari pangkalan data jujukan yang sepadan dengan menggunakan penjajaran jujukan tempatan untuk mencari padanan jujukan pangkalan data yang serupa.
Apakah itu FASTQ?
FASTQ ialah perisian penjajaran yang digunakan dalam bidang bioinformatik, yang menyimpan kedua-dua jujukan biologi (biasanya jujukan nukleotida) dan skor kualiti yang sepadan. FASTQ pada asalnya dibangunkan untuk menggabungkan urutan berformat FASTA dan data kualiti yang berkaitan oleh Wellcome Trust Sanger Institute. Dengan perkembangan dalam bidang bioinformatik, FASTQ menjadi standard de facto untuk menyimpan output banyak instrumen penjujukan throughput tinggi.
Format FASTQ menggunakan empat baris berbeza bagi setiap jujukan. Baris 1 bermula dengan aksara @ dan diikuti dengan pengecam jujukan (serupa dengan baris tajuk FASTA). Baris 2 terdiri daripada huruf urutan mentah. Dalam baris 3, jujukan bermula dengan aksara '+' dan secara pilihan diikuti oleh pengecam jujukan yang sama. Baris 4 mengekodkan nilai kualiti untuk jujukan dalam baris 2 dan hendaklah mengandungi bilangan simbol yang sama seperti huruf dalam jujukan.
Apakah Persamaan Antara FASTA dan FASTQ?
- FASTA dan FASTQ ialah alat penjajaran.
- Ia adalah dua format perwakilan jujukan.
- Kedua-duanya berkaitan dengan bidang bioinformatik.
- FAST dan FASTQ ialah alatan penting untuk tujuan penyimpanan dan penjujukan.
- FASTQ ialah lanjutan daripada format FASTA dengan keupayaan untuk menyimpan kualiti jujukan.
Apakah Perbezaan Antara FASTA dan FASTQ?
FASTA ialah format berasaskan teks yang hanya menyimpan jujukan nukleotida atau protein, manakala FASTQ ialah format berasaskan teks yang menyimpan kedua-dua jujukan dan nilai kualiti jujukan yang berkaitan. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara FASTA dan FASTQ. Selain itu, FASTA menyimpan serpihan jujukan selepas dipetakan, manakala FASTQ menyimpan serpihan jujukan sebelum pemetaan. Selain itu, satu lagi perbezaan antara FASTA dan FASTQ ialah FASTA terdiri daripada satu baris keterangan dan FASTAQ terdiri daripada empat baris.
Maklumat di bawah menunjukkan perbezaan antara FASTA dan FASTQ dalam bentuk jadual untuk perbandingan sebelah menyebelah.
Ringkasan – FASTA lwn FASTQ
Bioinformatik menggunakan format jujukan yang berbeza seperti FASTA dan FASTQ, dsb. FASTA menyimpan serpihan jujukan selepas dipetakan manakala FASTQ menyimpan serpihan jujukan sebelum pemetaan. FASTA ialah perisian penjajaran untuk urutan DNA dan protein. Ia terdiri daripada atur cara untuk protein:protein, DNA:DNA, protein:terjemahan DNA (dengan anjakan bingkai), dan carian peptida tersusun atau tidak tertib. FASTQ ialah perisian penjajaran yang digunakan dalam bidang bioinformatik dan menyimpan kedua-dua jujukan biologi (biasanya jujukan nukleotida) dan skor kualiti yang sepadan. FASTA terdiri daripada satu baris penerangan dan FASTQ terdiri daripada empat baris. Jadi, ini meringkaskan perbezaan antara FASTA dan FASTQ.
