Perbezaan utama antara BLAST dan FastA ialah BLAST ialah alat penjajaran asas yang tersedia di tapak web National Center for Biotechnology Information manakala FastA ialah alat carian persamaan yang terdapat di tapak web European Bioinformatics Institute.
BLAST dan FastA ialah dua perisian yang digunakan secara meluas untuk membandingkan jujukan biologi DNA, asid amino, protein dan nukleotida spesies yang berbeza dan mencari persamaannya. Algoritma ini ditulis dengan mengambil kira kelajuan. Kerana, apabila saintis dapat mengasingkan DNA di makmal pada pertengahan 1980-an, ia menimbulkan keperluan untuk membandingkan dan mencari gen yang sama untuk penyelidikan lanjut pada kelajuan tinggi. Oleh itu, kedua-dua perisian ini telah dibangunkan dengan cara pengguna boleh melakukan carian pantas bagi urutan yang serupa dengan urutan pertanyaan mereka.
BLAST ialah akronim untuk Alat Carian Penjajaran Setempat Asas dan menggunakan pendekatan setempat dalam membandingkan dua jujukan. FastA ialah perisian yang merujuk kepada Fast A di mana A bermaksud Semua. Di sini, perisian berfungsi dengan abjad seperti Fast A untuk penjujukan DNA dan Fast P untuk protein. Kedua-dua BLAST dan FastA sangat pantas dalam membandingkan mana-mana pangkalan data genom dan, oleh itu, sangat berdaya maju dari segi kewangan serta menjimatkan masa.
Apakah itu BLAST?
BLAST ialah salah satu perisian bioinformatik yang paling banyak digunakan yang dibangunkan pada tahun 1990. Sejak itu, ia tersedia untuk semua orang di tapak NCBI. Tambahan pula, sesiapa sahaja boleh mengakses perisian ini dan menggunakannya. Selain itu, BLAST ialah perisian yang memerlukan data input atau urutan dalam format FastA. Tetapi, ia memberikan data output dalam format teks biasa, HTML atau XML. BLAST berfungsi berdasarkan prinsip mencari persamaan setempat antara dua jujukan dan senarai pendek jujukan serupa, dan selepas itu, ia mencari persamaan kejiranan.
Rajah 01: Keputusan BLAST
Oleh itu, perisian ini mencari bilangan kawasan tempatan yang serupa yang tinggi dan memberikan hasil apabila mencapai nilai ambang. Walau bagaimanapun, proses ini berbeza daripada perisian terdahulu, yang mencari keseluruhan jujukan dahulu dan kemudian melakukan perbandingan, dan oleh itu, mengambil banyak masa.
Selain daripada semakan persamaan di atas, BLAST mempunyai banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen yang sama dalam spesies berbeza, mencipta pokok filogenetik, dll.
Apakah itu FastA?
FastA ialah perisian penjajaran jujukan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menerangkan perisian ini pada tahun 1985. Walaupun penggunaan awal perisian ini adalah untuk membandingkan jujukan protein sahaja, versi yang diubah suai dapat membandingkan jujukan DNA juga. Di sini, perisian ini menggunakan prinsip mencari persamaan antara dua jujukan secara statistik. Ia memadankan satu jujukan DNA atau protein dengan jujukan lain melalui kaedah penjajaran jujukan tempatan.
Rajah 02: FastA
Walau bagaimanapun, ia mencari kawasan setempat untuk persamaan, tetapi bukan padanan terbaik antara dua jujukan. Memandangkan perisian ini membandingkan persamaan setempat pada masa-masa tertentu, perisian ini juga boleh menghasilkan ketidakpadanan. Dalam urutan, FastA mengambil bahagian kecil yang dikenali sebagai k-tuple, di mana tupel boleh dari 1 hingga 6 dan sepadan dengan k-tuple bagi jujukan yang lain. Pada penghujung proses pemadanan, apabila ia mencapai nilai ambang, ia menghasilkan hasilnya.
Apakah Persamaan Antara BLAST dan FastA?
- BLAST dan FastA ialah alat bioinformatik yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk persamaan.
- Selain itu, kedua-dua program menggunakan strategi pemarkahan untuk membuat perbandingan antara jujukan.
- Selain itu, kedua-dua alatan menghasilkan hasil yang sangat tepat.
Apakah Perbezaan Antara BLAST dan FastA?
BLAST ialah alat untuk menyemak persamaan antara jujukan biologi. Sebaliknya, FastA ialah satu lagi program yang memudahkan pemeriksaan persamaan urutan protein dan DNA. Walau bagaimanapun, berbanding dengan FastA, perisian BLAST sangat popular kerana ia menghasilkan hasil yang lebih tepat dan pantas. Oleh itu, ini adalah perbezaan antara BLAST dan FastA. Tambahan pula, tidak seperti FastA, program BLAST boleh diubah suai mengikut keperluan pengguna. Oleh itu, ini adalah satu lagi perbezaan antara BLAST dan FastA.
Maklumat di bawah tentang perbezaan antara BLAST dan FastA memberikan butiran lanjut.
Ringkasan – BLAST lwn FastA
BLAST dan FastA ialah dua program yang membolehkan pengguna membandingkan jujukan pertanyaannya dengan jujukan dalam pangkalan data sedia ada dan menyemak persamaan. Tujuan awal FastA adalah untuk membandingkan hanya urutan protein. Tetapi, versi perisian yang diubah suai memudahkan kedua-dua perbandingan urutan protein dan DNA. Walaupun FastA adalah perisian yang bagus, kebanyakan orang menggunakan alat penjajaran BLAST kerana ia lebih popular dan menghasilkan hasil yang lebih tepat dan pantas daripada FastA. Selain itu, alat BLAST boleh diubah suai mengikut keperluan pengguna. Secara ringkas, ini meringkaskan perbezaan antara BLAST dan FastA.
