Perbezaan utama antara dNTP dan ddNTP ialah dNTP atau deoxyribonucleotides ialah blok binaan DNA dan mempunyai kumpulan 3ʹ-OH pada struktur gula pentosa manakala ddNTP atau dideoxynucleoside triphosphates ialah nukleotida yang tidak mempunyai kumpulan 3ʹ-OH dan mereka digunakan dalam teknik penjujukan DNA dideoksi Sanger untuk menghasilkan urutan DNA panjang yang berbeza.
dNTP dan ddNTP ialah nukleotida. dNTP merujuk kepada nukleotida deoksiribosa. Mereka adalah blok bangunan DNA. dNTP digunakan untuk mensintesis DNA. dNTP, sebaliknya, merujuk kepada trifosfat dideoxynucleoside. Ia digunakan dalam penjujukan Sanger untuk menamatkan sintesis DNA pada panjang yang berbeza. Mereka kekurangan kumpulan OH pada kedudukan 3′. Hidrogen hadir pada kedudukan 3ʹ dan bukannya kumpulan OH. Oleh itu, ddNTP tidak dapat membentuk ikatan fosfodiester dengan nukleotida seterusnya. dNTP mampu menjalankan sintesis DNA, manakala ddNTP mampu menamatkan pempolimeran DNA.
Apakah itu dNTP?
dNTP ialah singkatan kepada nukleotida deoksiribosa atau deoksiribonukleotida. Ia adalah blok binaan DNA. Terdapat empat jenis dNTP. Ia adalah dATP, dTTP, dCTP dan dGTP. Mereka dinamakan mengikut bes nitrogen purin atau pirimidin: Adenine (A), Guanin (G), Timina (T) dan Sitosin (C).
Rajah 01: dNTP
Adenine dan guanina ialah bes purin manakala timin dan sitosin ialah bes pirimidin. Gula pentosa dNTP ialah deoksiribosa. Terdapat juga kumpulan fosfat. Oleh itu, dNTP terdiri daripada tiga komponen: bes nitrogen, gula deoksiribosa dan kumpulan fosfat. dNTP ini bergabung antara satu sama lain melalui ikatan fosfodiester. Dalam dNTP, terdapat kumpulan OH yang melekat pada kedudukan 3′ gula pentosa yang diperlukan untuk membentuk pautan dengan kumpulan fosfat yang melekat pada karbon 5′ gula nukleotida seterusnya. Oleh kerana semua dNTP mempunyai kumpulan 3ʹ -OH ini, ia mampu mensintesis dan memanjangkan helai DNA. Oleh itu, dNTP bertindak sebagai unit berulang asas DNA dan bahan kimia gen. Sintesis DNA sentiasa bermula dari 5ʹ hingga 3ʹ.
Apakah itu DdNTP?
Penjujukan Sanger ialah kaedah penjujukan DNA generasi pertama yang dibangunkan oleh Frederick Sanger dan kolejnya pada tahun 1977. Ia juga dikenali sebagai Penjujukan Penamatan Rantaian atau Penjujukan Dideoksi kerana prinsip asas kaedah ini ialah penamatan rantai menggunakan trifosfat dideoxynucleoside (ddNTPs). ddNTP ialah nukleotida yang digunakan dalam penjujukan Sanger. Penjujukan Sanger adalah berdasarkan penggabungan terpilih ddNTP dan penamatan sintesis DNA semasa replikasi DNA in vitro. Keistimewaan ddNTP ialah mereka kekurangan kumpulan 3ʹ-OH pada gula pentosa untuk meneruskan pembentukan ikatan fosfodiester antara kumpulan fosfat 5ʹ dalam nukleotida bersebelahan. Oleh itu, sebaik sahaja ddNTP dilekatkan pada helai memanjang, pemanjangan rantai terhenti dan tamat dari titik itu. ddNTP bertindak sebagai perencat memanjang rantai DNA polimerase semasa kaedah penjujukan Sanger.
Rajah 02: ddNTP
Terdapat empat ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP dan ddTTP yang digunakan dalam penjujukan Sanger. Nukleotida ini menghentikan proses replikasi DNA apabila ia dimasukkan ke dalam untaian DNA yang semakin meningkat. Akibatnya, penjujukan Sanger menghasilkan panjang DNA pendek yang berbeza-beza. Elektroforesis gel kapilari digunakan untuk menyusun helai DNA pendek ini mengikut saiznya pada gel. ddNTP dilabel secara radioaktif atau pendarfluor dengan warna yang berbeza untuk memudahkan menganalisis jujukan DNA. Dengan menganalisis gel, jujukan nukleotida bagi untaian DNA yang tidak diketahui boleh ditentukan.
Apakah Persamaan Antara dNTP dan DdNTP?
- Kedua-dua dNTP dan ddNTP digunakan dalam penjujukan Sanger.
- Terdapat empat jenis dNTP dan ddNTP.
- Ia terdiri daripada tiga komponen: bes nitrogen, gula deoksiribosa dan kumpulan fosfat.
Apakah Perbezaan Antara dNTP dan DdNTP?
dNTP ialah salah satu daripada empat jenis deoksiribonukleotida yang merupakan blok binaan DNA. ddNTP ialah salah satu daripada empat jenis trifosfat dideoxyribonucleoside yang digunakan dalam teknik penjujukan Sanger. dNTP mempunyai kumpulan 3ʹ-OH pada gula pentosa manakala ddNTP tidak mempunyai kumpulan 3ʹ-OH pada gula pentosa. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara dNTP dan ddNTP. Selain itu, dNTP menjalankan pempolimeran DNA manakala ddNTP menamatkan pempolimeran DNA. Oleh itu, ini merupakan satu lagi perbezaan utama antara dNTP dan ddNTP.
Maklumat grafik di bawah menyenaraikan perbezaan antara dNTP dan ddNTP dalam bentuk jadual.
Ringkasan – dNTP lwn DdNTP
dNTP biasa ialah blok binaan DNA manakala ddNTP ialah nukleotida yang digunakan dalam teknik penjujukan Sanger. dNTP mempunyai 3ʹ-OH manakala ddNTP kekurangan 3ʹ-OH. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara dNTP dan ddNTP. Selain itu, dNTP boleh mensintesis untaian DNA manakala ddNTP boleh menamatkan pempolimeran DNA. Oleh itu, ddNTP digunakan dalam penjujukan Sanger untuk menghasilkan helai DNA yang berbeza dengan panjang yang berbeza-beza. Semasa penjujukan Sanger, kedua-dua dNTP dan ddNTP disertakan.
