Perbezaan utama antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik ialah homologi merujuk kepada pernyataan tentang keturunan evolusi bersama dua jujukan manakala persamaan merujuk kepada tahap keserupaan antara dua jujukan.
Bioinformatik ialah bidang sains yang menggabungkan biologi, kejuruteraan maklumat, sains komputer, matematik dan statistik untuk menganalisis dan mentafsir data biologi. Homologi dan persamaan adalah dua istilah yang kami gunakan dalam bidang bioinformatik. Kita boleh mengira persamaan dengan mudah sebagai peratusan sisa yang serupa pada panjang penjajaran tertentu. Walau bagaimanapun, kita tidak boleh mengira homologi kerana ia mungkin benar atau salah dan biasanya bergantung pada hipotesis yang digunakan.
Apakah Homologi dalam Bioinformatik?
Homologi dalam bioinformatik merujuk kepada homologi biologi antara urutan DNA, RNA dan protein yang ditakrifkan dari segi sifat nenek moyang yang dikongsi dalam pokok evolusioner kehidupan. Dalam erti kata lain, ia adalah keturunan evolusi bersama dua jujukan. Sebab kejadian sedemikian mungkin disebabkan oleh peristiwa spesiasi (ortolog), peristiwa pemindahan gen mendatar (xenolog) atau peristiwa pendua (paralog).
Rajah 01: Penjajaran Berbilang Jujukan
Adalah mungkin untuk menyimpulkan homologi antara DNA, RNA atau protein dengan asid amino atau persamaan urutan nukleotidanya. Persamaan yang ketara berfungsi sebagai sifat bukti yang kukuh untuk membuat kesimpulan bahawa dua jujukan berkaitan dengan jujukan nenek moyang yang sama dengan perubahan evolusi. Penjajaran berbilang jujukan menunjukkan kawasan bagi setiap jujukan dengan sifat homolog.
Apakah Kesamaan dalam Bioinformatik?
Dalam bioinformatik, persamaan menilai persamaan antara dua protein atau jujukan nukleotida. Terdapat dua langkah utama untuk proses ini. Langkah awal ialah penjajaran berpasangan, yang membantu mencari penjajaran optimum antara dua jujukan (termasuk jurang) menggunakan algoritma seperti BLAST, FastA dan LALIGN. Selepas penjajaran berpasangan, adalah perlu untuk mendapatkan dua parameter kuantitatif daripada setiap perbandingan berpasangan. Mereka adalah identiti dan persamaan. Dalam BLAST, persamaan carian dikenali sebagai positif.
Rajah 02: Penjajaran Berpasangan
Mutasi konservatif berlaku apabila asid amino bermutasi kepada sisa yang serupa sambil mengekalkan sifat fisiokimia. Sebagai contoh, jika arginin bermutasi kepada lisin dengan cas positif +1, ia diterima kerana kedua-dua asid amino adalah serupa dalam sifat dan tidak mengubah protein yang diterjemahkan. Oleh itu, ukuran persamaan bergantung pada kriteria bagaimana dua residu asid amino antara satu sama lain.
Apakah Persamaan Antara Homologi dan Persamaan dalam Bioinformatik?
- Homologi dan persamaan ialah dua istilah teknikal yang kita temui dalam bioinformatik.
- Selain itu, kedua-dua istilah merujuk kepada analisis molekul bagi jujukan.
Apakah Perbezaan Antara Homologi dan Persamaan dalam Bioinformatik?
Homology merujuk kepada pernyataan tentang keturunan evolusi yang sama bagi dua jujukan manakala persamaan merujuk kepada tahap keserupaan antara dua jujukan. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik. Di samping itu, homologi tidak boleh dikira kerana ia boleh benar atau salah dan biasanya bergantung pada hipotesis manakala persamaan boleh dikira dengan mudah sebagai peratusan sisa yang serupa sepanjang tempoh penjajaran tertentu. Oleh itu, ini adalah perbezaan yang ketara antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik.
Infografik berikut menyenaraikan perbezaan antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik.
Ringkasan – Homologi vs Persamaan dalam Bioinformatik
Ringkasnya, perbezaan utama antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik terletak pada definisinya. Homologi ialah pernyataan keturunan evolusi yang sama bagi dua jujukan manakala persamaan ialah persamaan antara dua jujukan. Homologi berlaku disebabkan oleh ortolog, paralog, dan xenolog. Apabila membuat kesimpulan persamaan, adalah mungkin untuk menggunakan algoritma seperti FastA, BLAST dan LALIGN. Homologi tidak boleh dinyatakan sebagai pengiraan, tetapi persamaan boleh dinyatakan sebagai peratusan sisa yang serupa pada panjang penjajaran tertentu. Oleh itu, ini ialah ringkasan perbezaan antara homologi dan persamaan dalam bioinformatik.
