Perbezaan Antara Primer PCR dan Primer Penjujukan

2024 Pengarang: Alex Aldridge | [email protected]. Diubah suai terakhir: 2023-12-17 13:46

Perbezaan Utama – Primer PCR lwn Primer Penjujukan

Dengan perkembangan terkini dalam bidang biologi molekul, teknik genetik yang berbeza telah dibangunkan yang menjadikan proses penyiasatan pelbagai jalan subjek mudah dan tepat. PCR dan prosedur penjujukan lain adalah dua teknik yang penting. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeza. Primer dianggap sebagai subkomponen utama yang biasa digunakan untuk kedua-dua teknik PCR dan Sequencing. Primer PCR digunakan untuk penguatan jujukan DNA tertentu manakala primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mendedahkan susunan khusus jujukan nukleotida. Ini ialah perbezaan utama antara primer PCR dan primer penjujukan.

Apakah Primer PCR?

Polymerase Chain Reaction (PCR) ialah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekul untuk menguatkan satu atau beberapa salinan segmen DNA tertentu dan untuk mendapatkan berjuta-juta salinan yang serupa. Dalam tindak balas PCR, komponen yang berbeza digunakan termasuk primer. Primer ialah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 menjadikannya serasi dengan kawasan permulaan dan hujung serpihan DNA yang akan dikuatkan. Primer boleh menjadi primer hadapan dan primer terbalik. Primer ini mengikat serpihan DNA pada titik tertentu di mana ia menjadikan polimerase DNA untuk mengikat primer khusus di lokasi dan memulakan sintesis untaian DNA baharu.

Pemilihan primer adalah aspek penting dalam proses PCR. Pemilihan panjang primer adalah penting. Panjang ideal ialah 18-25 nukleotida. Jika panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat urutan DNA untuk dikuatkan dengan tepat. Primer yang panjangnya terlalu pendek membawa kepada penyepuhlindapan primer tidak spesifik di lokasi yang berbeza bagi urutan DNA.

Rajah 01: Primer PCR

Kandungan Guanine dan Cytosine (GC) dalam buku asas yang baik hendaklah dalam julat 40-60. Suhu penyepuhlindapan primer dan suhu lebur adalah faktor penting semasa PCR. Suhu lebur hendaklah dikira dengan tepat dan suhu penyepuhlindapan primer hendaklah 5 ^{0C kurang daripada suhu lebur. Suhu lebur hendaklah 60 °C dan 75 °C. Suhu yang terlalu tinggi atau terlalu rendah akan mengakibatkan aktiviti polimerase DNA yang kurang aktif.}

Apakah itu Sequencing Primer?

Primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mendedahkan identiti khususnya. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, ia harus unik untuk kawasan tertentu yang ingin kita jujukan. Ia juga harus dengan orientasi yang betul di mana jujukan biasanya dijana dari 3’ hingga 5’ hujung primer. Urutan tersebut sepatutnya tidak mempunyai penghibridan diri yang tidak diingini seperti pembentukan gelung jepit rambut. Ia tidak sepatutnya mengandungi pembentukan bes Guanine berturut-turut.

Suhu lebur (Tm) primer mestilah sesuai dengan keadaan penjujukan. Oleh itu, ia sepatutnya terletak di antara 52^oC dan 74^{oC. Penyediaan oligonukleotida untuk digunakan sebagai primer harus ditulenkan untuk mendapatkan jujukan panjang penuh yang dikehendaki. Jika oligonukleotida mengandungi kekotoran, isyarat jujukan primer akan ditindih dari tapak penyebuan yang berbeza, dan ia juga akan mengurangkan bilangan sel asas.}

Rajah 02: Menjujukan Primer

Suhu lebur primer (Tm) oligonukleotida menentukan, seberapa kuat untaian DNA pelengkap dihibridkan antara satu sama lain. Tm boleh dianggap sebagai pengiraan termodinamik di mana ia bergantung kepada kedua-dua urutan DNA dan beberapa keadaan seperti kepekatan garam. Tm adalah penting semasa PCR di mana varian yang dipanggil penjujukan kitaran digunakan untuk menghasilkan sekumpulan serpihan ditamatkan dideoxynucleotide. Di sini, primer yang dijujukan pada mulanya akan disepuhlindapkan secara alternatif, kemudian dilanjutkan dan akhir sekali dinyahatur untuk penguatan. Oleh itu, nilai Tm hendaklah berada di antara 52^oC dan 74^{o C. Oligonukleotida tersintesis boleh didapati daripada makmal sintesis DNA/RNA mengikut pilihan. Skala kecil sintesis yang digunakan untuk penjujukan DNA biasanya 50 nmol. Selain itu, yang paling penting primer yang digunakan untuk penjujukan hendaklah dibersihkan agar bebas daripada kekotoran yang akan menghalang pengurangan kualiti.}

Apakah Persamaan Antara Primer PCR dan Primer Penjujukan?

• Kedua-dua Primer PCR dan Primer Penjujukan ialah primer yang digunakan dalam proses penguatan jujukan DNA yang disasarkan.
• Kedua-dua Primer PCR dan Primer Penjujukan terdiri daripada nukleotida.
• Kedua-dua Primer PCR dan Primer Penjujukan ialah oligomer pendek.

Apakah Perbezaan Antara Primer PCR dan Primer Penjujukan?

PCR Primer vs Sequencing Primer
PCR primer ialah helai DNA pendek dengan panjang jujukan nukleotida 18-25 menjadikannya serasi dengan kawasan permulaan dan penghujung serpihan DNA yang akan dikuatkan.	Primer penjujukan ialah oligomer pendek yang digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mendedahkan identiti khususnya.
Fungsi
primer PCR digunakan untuk penguatan jujukan DNA tertentu.	Primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mendedahkan identiti khususnya.
Bilangan primer Diperlukan
Dua primer; satu primer ke hadapan dan satu primer terbalik digunakan sebagai primer PCR.	Memerlukan hanya satu buku asas sebagai buku asas penjujukan.

Ringkasan – Primer PCR lwn Primer Penjujukan

Primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan tujuan untuk mendedahkan identiti khususnya. Satu buku asas penjujukan akan mencukupi untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik, primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, ia harus unik untuk kawasan tertentu yang ingin kita jujukan. Primer PCR ialah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang serasi dengan kawasan permulaan dan hujung serpihan DNA yang akan dikuatkan. Primer PCR boleh menjadi primer hadapan dan primer terbalik. Kandungan Guanine dan Cytosine (GC) dalam buku asas yang baik hendaklah dalam julat 40-60. Suhu penyepuhlindapan primer dan suhu lebur adalah aspek penting semasa PCR. Ini ialah perbezaan antara primer PCR dan primer Sequencing.