Perbezaan Utama – Penjujukan Exome lwn RNA
Penjujukan asid nukleik ialah teknik yang menentukan susunan nukleotida dalam serpihan DNA atau RNA tertentu sesuatu organisma. Penjujukan adalah penting dalam mengenal pasti solekan DNA dan RNA sel dan membezakan gen tertentu yang mengekodkan protein berfungsi; oleh itu, penjujukan boleh digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Kaedah Penjujukan Sanger atau kaedah penjujukan generasi seterusnya yang lebih maju ialah kaedah penjujukan yang biasa digunakan. Penjujukan Exome ialah penjujukan set lengkap ekson atau pengekodan kawasan DNA yang terdapat dalam organisma manakala penjujukan RNA ialah prosedur penjujukan asid Ribonukleik (RNA). Ini ialah perbezaan utama antara penjujukan exome dan RNA.
Apakah itu Exome Sequencing?
Exome ialah subset genom yang terdiri daripada gen pengekodan organisma tertentu. Gen pengekodan dinamakan sebagai ekson dan ditranskripsikan ke dalam mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asid amino. Semasa pengubahsuaian pasca transkrip, mekanisme penyambungan RNA dalam eukariota mengeluarkan intron (kawasan bukan pengekodan), dan ekson kekal. Terdapat dua teknik utama di mana penjujukan exome dilakukan: berasaskan penyelesaian dan berasaskan tatasusunan.
Dalam penjujukan exome berasaskan larutan, sampel DNA dipecahkan menggunakan sama ada enzim sekatan atau kaedah mekanikal dan dinyahtutur oleh haba. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida terbiotinilasi (umpan) digunakan untuk menghibridkan secara selektif dengan kawasan sasaran dalam genom. Manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah mengikat. Pengikatan diikuti dengan langkah mencuci di mana urutan yang tidak terikat dan tidak disasarkan dihanyutkan. Sasaran terikat kemudiannya dikuatkan menggunakan tindak balas Rantai Polimerase (PCR) dan kemudian disusun menggunakan teknik penjujukan Sanger atau Penjujukan Generasi Seterusnya.
Rajah 01: Penjujukan Exome
Kaedah berasaskan tatasusunan juga serupa dengan kaedah berasaskan penyelesaian, kecuali serpihan DNA ditangkap ke dalam tatasusunan mikro, dan kemudian langkah pengikatan dan pencucian diikuti sebelum dijujukan.
Penjujukan Exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengenal pasti penanda genetik baru, dalam pertanian untuk mengenal pasti pelbagai ciri agronomi yang berfaedah dan dalam prosedur pembiakan tumbuhan.
Apakah itu RNA Sequencing?
Penjujukan RNA adalah berdasarkan transkriptom, iaitu transkrip lengkap sel. Matlamat utama penjujukan RNA adalah untuk mengkatalogkan semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA bukan pengekodan, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkrip gen dan untuk mengukur tahap ekspresi setiap transkrip semasa pembangunan. Semasa penjujukan RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA pelengkap yang diperoleh daripada jujukan mRNA matang) pada mulanya digunakan untuk penjujukan. Pada masa ini, teknik hantaran yang lebih tepat dan lanjutan digunakan untuk penjujukan RNA.
Rajah 02: Penjujukan RNA
Dalam penjujukan RNA, sampel RNA yang boleh menjadi RNA total atau RNA terpecah ditukar kepada DNA pelengkapnya (cDNA) menggunakan transkripsi terbalik dan perpustakaan cDNA disediakan. Setiap serpihan cDNA dilampirkan pada penyesuai pada kedua-dua belah (jujukan hujung berpasangan) atau pada satu sisi (jujukan hujung tunggal). Jujukan teg ini disusun menggunakan jujukan Sanger atau generasi seterusnya, seperti jujukan exome.
Apakah Persamaan Antara Exome dan Penjujukan RNA?
- Serpihan pendek yang dipilih atau keseluruhan set DNA / RNA boleh digunakan untuk penjujukan Exome atau RNA.
- serpihan tersusun disimpan dalam perpustakaan.
- Penjujukan Sanger atau penjujukan Generasi Seterusnya boleh digunakan.
- Kedua-duanya adalah kaedah penjujukan in vitro.
- serpihan terjujukan boleh ditentukan oleh teg pendarfluor.
Apakah Perbezaan Antara Penjujukan Exome dan RNA?
Penjujukan Exome lwn RNA |
|
| Penjujukan Exome ialah penjujukan set lengkap ekson atau pengekodan kawasan DNA yang terdapat dalam organisma. | Penjujukan RNA merujuk kepada prosedur penjujukan asid Ribonukleik (RNA); transkrip. |
| Sampel Permulaan | |
| DNA genomik ialah sampel permulaan penjujukan exome. | RNA ialah sampel permulaan penjujukan RNA. |
| Komposisi | |
| Ini mengandungi hanya kawasan pengekodan daripada jumlah DNA yang dikenali sebagai Exons | Ini mengandungi RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sequencing | |
| Terdapat dua kaedah utama penjujukan exome; berasaskan penyelesaian dan teknologi berasaskan tatasusunan. | Penjujukan RNA dilakukan melalui penyediaan pustaka cDNA dengan mengekstrak jumlah RNA atau RNA terserpihan. |
Ringkasan – Penjujukan Exome lwn RNA
Exome ialah set lengkap kawasan pengekodan organisma dan teknik yang terlibat dalam penentuan susunan nukleotida tepat Exome dikenali sebagai penjujukan exome. Penjujukan RNA ialah teknik yang terlibat dalam penentuan susunan nukleotida RNA sesuatu organisma. Ini ialah perbezaan antara penjujukan exome dan RNA.
Muat turun Versi PDF Exome vs RNA Sequencing
Anda boleh memuat turun versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan luar talian seperti dalam nota petikan. Sila muat turun versi PDF di sini Perbezaan Antara Exome dan Penjujukan RNA
