Perbezaan Utama – RAPD lwn RFLP
Penanda genetik digunakan dalam Biologi Molekul untuk mengenal pasti variasi genetik antara individu dan spesies. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) dan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) ialah dua penanda molekul penting yang biasa digunakan di makmal. RAPD dilakukan dengan primer oligonukleotida yang pendek dan sewenang-wenangnya, dan ia berdasarkan penguatan rawak beberapa lokasi di seluruh DNA templat organisma. RFLP dilakukan dengan endonuklease sekatan khusus, dan ia berdasarkan polimorfisme serpihan sekatan dan hibridisasi yang terhasil. Perbezaan utama antara RAPL dan RFLP ialah RAPD ialah sejenis teknik PCR yang dilakukan tanpa pengetahuan urutan awal manakala RFLP tidak terlibat dalam PCR dan memerlukan pengetahuan urutan awal untuk menjalankan teknik tersebut.
Apakah itu RAPD?
RAPD ialah penanda molekul yang berguna dalam biologi molekul. Ia adalah teknik yang cepat dan mudah. RAPD boleh ditakrifkan sebagai kaedah yang menghasilkan jujukan DNA polimorfik hasil daripada penguatan rawak berbilang lokasi templat DNA sasaran. RAPD menggunakan primer oligonukleotida pendek dengan urutan sewenang-wenangnya untuk penguatan PCR. Primer disintesis secara buatan tanpa pengetahuan urutan sebelumnya. Oleh itu, ia dianggap sebagai teknik yang mudah dan berguna.
Langkah utama berikut terlibat dalam RAPD.
- Pengekstrakan DNA sasaran
- Penguatan berbilang lokasi DNA sasaran menggunakan primer yang dipilih secara rawak
- Elektroforesis gel bagi produk PCR yang dikuatkan
- Pewarnaan dengan etidium bromida dan pengenalpastian polimorfisme
Akibat daripada variasi dalam penyepuhlindapan primer, serpihan berbeza dengan panjang berbeza dijana semasa amplifikasi. Oleh itu, corak pengikatan pada gel adalah berbeza di kalangan individu dan spesies. Oleh itu, RAPD membolehkan pengesanan variasi genetik antara organisma dalam pengecaman dan pembezaan.
RAPD digunakan dalam pelbagai kajian biologi molekul seperti pengenalpastian perbezaan genetik antara spesies yang berkait rapat, pemetaan gen, cap jari DNA, pengenalpastian penyakit yang diwarisi, dsb.
Rajah 01: RAPD
Apakah itu RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) ialah penanda molekul yang digunakan dalam biologi molekul untuk mengenal pasti variasi genetik dalam jujukan DNA homolog. Ia adalah penanda genetik pertama yang dibangunkan untuk cap jari DNA. Semua organisma menghasilkan profil DNA yang unik apabila dihadkan dengan enzim sekatan tertentu. RFLP berfungsi sebagai alat penting dalam menghasilkan profil DNA individu yang unik dan pengesanan variasi genetik di kalangan mereka. Apabila sampel DNA dicerna dengan endonuklease sekatan khusus, ia menghasilkan profil DNA yang berbeza yang unik kepada setiap individu. Oleh itu, prinsip utama kaedah ini ialah pengesanan variasi genetik di kalangan organisma dengan menyekat DNA homolog dengan enzim sekatan khusus dan analisis polimorfisme panjang serpihan melalui elektroforesis gel dan blotting. Corak blotting adalah unik untuk setiap organisma dan mencirikan genotip tertentu.
Langkah berikut terlibat dengan RFLP.
- Pengasingan jumlah DNA yang mencukupi daripada sampel
- Pecahan sampel DNA dengan endonuklease sekatan khusus ke dalam urutan pendek
- Pemisahan serpihan yang terhasil dengan panjang yang berbeza dengan elektroforesis gel agarose.
- Pemindahan profil gel ke dalam membran secara Southern blotting
- Hibridisasi membran dengan kuar berlabel dan analisis polimorfisme panjang serpihan dalam setiap profil
RFLP mempunyai pelbagai aplikasi seperti diagnosis penyakit warisan, pemetaan genom, pengenalan jenayah dalam kajian forensik, ujian paterniti, dsb.
Rajah 02: Genotaip RFLP
Apakah perbezaan antara RAPD dan RFLP?
RAPD lwn RFLP |
|
| RAPD ialah penanda molekul berdasarkan primer rawak dan PCR. | RFLP ialah penanda molekul berdasarkan penghasilan serpihan sekatan panjang yang berbeza. |
| Sampel Diperlukan | |
| Sampel DNA kecil sudah cukup untuk analisis RAPD. | Sejumlah besar sampel DNA yang diekstrak diperlukan untuk analisis RFLP. |
| Masa | |
| RAPD ialah proses yang pantas. | RFLP ialah proses yang memakan masa. |
| Penggunaan Primer | |
| Primer rawak digunakan dan primer yang sama boleh digunakan untuk spesies yang berbeza. | Probe khusus spesies digunakan dalam RFLP untuk penghibridan. |
| Kebolehpercayaan | |
| Kebolehpercayaan teknik ini kurang berbanding RFLP. | RFLP ialah teknik yang boleh dipercayai. |
| Blotting | |
| RAPD melibatkan penghapusan selatan. | Southern blotting ialah satu langkah RFLP. |
| Pengesanan Variasi Allelik | |
| Variasi alelik tidak dapat dikesan oleh RAPD. | Variasi alelik boleh dikesan oleh RFLP. |
| Keperluan untuk Pengetahuan Urutan | |
| RAPD tidak memerlukan pengetahuan urutan awal. | Pengetahuan jujukan terdahulu diperlukan untuk mereka bentuk kuar. |
| PCR | |
| PCR terlibat dengan RAPD | PCR tidak terlibat dengan RFLP. |
| Kebolehhasilan semula | |
| RAPD mempunyai kebolehulangan yang rendah | RFLP mempunyai kebolehulangan yang tinggi berbanding RAPD. |
Ringkasan – RAPD lwn RFLP
RAPD dan RFLP ialah penanda penting yang digunakan dalam biologi molekul. Kedua-dua kaedah ini mampu mengesan variasi genetik di kalangan organisma. RAPD dilakukan menggunakan primer rawak. RFLP dilakukan menggunakan enzim sekatan khusus. Kedua-dua kaedah menghasilkan profil DNA yang unik kepada organisma individu. RAPD terlibat dalam beberapa langkah berbanding RFLP. Tetapi ia menghasilkan hasil yang kurang dipercayai dan boleh dihasilkan semula daripada RFLP. Ini ialah perbezaan utama antara RAPD dan RFLP.
