Perbezaan Utama – AFLP lwn RFLP
Kajian DNA mempunyai kepentingan yang sangat besar dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik dan memetakan genom organisma. Beberapa teknik yang dikaitkan dengan analisis DNA juga digunakan untuk mengenal pasti gen tertentu atau urutan DNA dalam kumpulan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenali sebagai penanda molekul. Polimorfisme Panjang Serpihan Diperkuat (AFLP) dan Polimorfisme Panjang Fragmen Sekatan (RFLP) ialah dua penanda molekul (kaedah) yang dibangunkan dalam biologi molekul untuk mengesan variasi genetik antara organisma. Kedua-dua kaedah adalah sama penting dan mempunyai kelebihan dan kekurangan. Perbezaan utama antara AFLP dan RFLP ialah AFLP melibatkan penguatan PCR terpilih bagi DNA yang dicerna manakala RFLP tidak melibatkan penguatan PCR terpilih bagi serpihan DNA.
Apakah itu AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) ialah alat penting dalam biologi molekul dan digunakan secara meluas dalam analisis variasi genetik. AFLP adalah berdasarkan amplifikasi PCR khusus DNA genom yang berpecah-belah dan pengesanan polimorfisme oleh autoradiograf melalui elektroforesis gel. AFLP menyumbang secara meluas untuk mengenal pasti perbezaan genetik dalam strain atau spesies berkait rapat pelbagai kerajaan termasuk tumbuhan, haiwan, bakteria dan kulat. AFLP boleh dijalankan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Ia tidak memerlukan pengetahuan jujukan terdahulu dan mereka bentuk probe.
Langkah AFLP
- Pengasingan DNA
- Pencernaan DNA dengan endonuklease sekatan
- Pengikatan serpihan DNA terhad dengan penyesuai
- Penguatan terpilih bagi serpihan dengan tapak sekatan tertentu
- Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
- Visualisasi matriks gel dengan autoradiograf
AFLP ialah kaedah yang lebih sensitif dan boleh dihasilkan semula yang boleh digunakan dalam pemprofilan DNA beberapa takson termasuk kulat, bakteria, tumbuhan dan haiwan tanpa pengetahuan awal tentang urutan DNA. Ia membantu dalam mengenal pasti sedikit perbezaan di kalangan individu dalam populasi kerana sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, kajian forensik, ujian ibu bapa, genotaip, dll.
Rajah 01: AFLP
Apakah itu RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) ialah teknik yang digunakan untuk mengesan variasi genetik dalam jujukan DNA homolog. Ia adalah kaedah pertama yang dibangunkan untuk pemprofilan DNA. Organisma mempunyai cap jari DNA atau profil DNA yang unik. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisma intraspesifik atau berkait rapat kerana jujukan homolog mempunyai tapak sekatan (lokasi) berbeza yang unik kepada organisma tertentu. Apabila DNA homolog dicerna dengan endonuklease sekatan tertentu, ia akan menghasilkan profil DNA yang berbeza yang unik kepada setiap individu. Oleh itu, prinsip utama kaedah ini ialah pengesanan variasi genetik di kalangan organisma dengan menyekat DNA homolog dengan enzim sekatan khusus dan analisis polimorfisme panjang serpihan melalui elektroforesis gel dan blotting. Corak blotting adalah unik untuk setiap organisma dan mencirikan genotip tertentu.
Langkah RFLP
- Pengasingan jumlah DNA yang mencukupi daripada sampel
- Pecahan sampel DNA dengan endonuklease sekatan khusus ke dalam urutan pendek
- Pemisahan serpihan yang terhasil dengan panjang yang berbeza dengan elektroforesis gel agarose.
- Pemindahan profil gel ke dalam membran secara Southern blotting
- Hibridisasi membran dengan kuar berlabel dan analisis polimorfisme panjang serpihan dalam setiap profil
RFLP adalah teknik yang sangat penting dalam mengesan pewarisan penyakit dan mencari risiko kejadian penyakit dalam kalangan ahli keluarga. RFLP juga kerap digunakan dalam pemetaan genom, mengenal pasti penjenayah dalam forensik, ujian paterniti, dll. RFLP juga mempunyai beberapa batasan. RFLP memerlukan pengetahuan awal data jujukan untuk mereka bentuk probe untuk hibridisasi. Ia juga memerlukan pengasingan jumlah DNA yang mencukupi daripada sampel untuk dianalisis, yang sukar dalam kajian forensik.
Rajah 01: Pemetaan RRFLP
Apakah perbezaan antara AFLP dan RFLP?
ALFP lwn RFLP |
|
| AFLP melibatkan penguatan PCR terpilih bagi DNA yang dicerna. | RFLP tidak melibatkan PCR melainkan PCR-RFLP. |
| Pengetahuan Urutan | |
| Pengetahuan urutan sebelumnya tidak diperlukan. | Pengetahuan jujukan terdahulu diperlukan untuk mereka bentuk probe RFLP. |
| Kebolehpercayaan | |
| Ini lebih dipercayai. | Ini kurang dipercayai berbanding AFLP. |
| Kecekapan dalam Mengesan Polimorfisme | |
| Ini mempunyai kecekapan yang lebih tinggi dalam mengesan polimorfisme berbanding RFLP. | Ini kurang cekap berbanding AFLP. |
| Kos | |
| Ini agak mahal berbanding RFLP. | Ini lebih murah berbanding AFLP. |
| Aplikasi | |
| AFLP telah digunakan untuk pemetaan genom, cap jari DNA, kajian kepelbagaian genetik, ujian paterniti dan forensik | Analisis RFLP ialah alat penting dalam pemetaan genom, penyetempatan gen untuk gangguan genetik, penentuan risiko penyakit dan ujian paterniti. |
Ringkasan – AFLP lwn RFLP
AFLP dan RFLP ialah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk penilaian kepelbagaian dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekul. AFLP berfungsi sebagai kaedah yang cekap dan sensitif untuk mengesan polimorfisme genetik antara organisma berbanding RFLP. Walau bagaimanapun, walaupun kedua-dua kaedah ini mempunyai kecekapan yang berbeza dalam mengesan variasi genetik, ia masih digunakan untuk cap jari DNA dan diagnosis penyakit.
