Perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT ialah primer rawak ialah campuran semua kemungkinan urutan oligonukleotida heksamer, manakala primer oligo dT terdiri daripada regangan untai tunggal 12–18 deoxythymidines.
Transkripsi terbalik ialah mekanisme di mana cDNA boleh disintesis menggunakan mRNA atau mana-mana spesies RNA. Untuk menghasilkan cDNA, enzim transkripase terbalik dan komponen lain yang diperlukan perlu disediakan, terutamanya templat dan primer. Primer ialah jujukan DNA pendek yang direka khusus untuk penguatan jujukan sasaran. Primer rawak dan primer oligo dT ialah dua jenis primer biasa yang digunakan dalam transkripsi terbalik. Oleh itu, primer rawak atau primer oligo dT ialah urutan oligonukleotida DNA pendek yang diperlukan untuk transkripase terbalik untuk memulakan transkripsi terbalik. Bergantung pada templat RNA, primer yang sesuai boleh dipilih daripada dua jenis primer ini.
Apakah itu Primer Rawak?
April rawak ialah campuran oligonukleotida yang mewakili semua jujukan heksamer yang mungkin. Urutan primer bagi primer rawak ialah 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T atau C. Oleh itu, primer rawak boleh digunakan untuk penguatan DNA atau RNA untai tunggal oleh polimerase DNA atau transkripase terbalik, masing-masing. Selain itu, campuran primer rawak mampu menguatkan semua kawasan RNA untuk menghasilkan cDNA. Oleh itu, ia menghasilkan pelbagai panjang cDNA.
Rajah 01: Primer Rawak
Paling penting, campuran primer rawak tidak menunjukkan kekhususan templat. Ia tidak mampu membezakan mRNA dan spesies RNA lain. Dan, ia menyepuhlindap dengan mana-mana spesies RNA dalam sampel. Walau bagaimanapun, campuran primer rawak sesuai untuk transkripsi terbalik RNA tanpa ekor poli(A), seperti rRNA, tRNA, RNA bukan pengekodan, RNA kecil, mRNA prokariotik dll., RNA terdegradasi dan RNA dengan struktur sekunder yang diketahui.
Apakah itu Oligo dT?
Oligo dT primer ialah regangan 12 – 18 deoxythymine (dT). Urutan primer boleh diwakili sebagai 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Ia digunakan untuk penghasilan cDNA daripada mRNA yang mengandungi ekor poli(A). Pada asasnya, ia bertindak sebagai primer untuk tindak balas yang dimangkin oleh transkripase terbalik. Semasa transkripsi terbalik, primer oligo dT menyepuh dengan ekor poli-adenilasi yang terdapat pada hujung 3' kebanyakan mRNA eukariotik dan memulakan proses.
Rajah 02: Transkripsi Songsang Menggunakan Primer Oligo dT
Tidak seperti primer rawak, primer oligo dT tidak sesuai untuk RNA terdegradasi atau RNA yang tidak mempunyai ekor poli(A), termasuk RNA prokariotik dan mikroRNA.
Apakah Persamaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT?
- Primer rawak dan primer oligo dT ialah dua jenis primer yang digunakan dalam transkripsi terbalik dan membuat cDNA.
- Menggunakan primer rawak dan primer oligo dT bersama-sama meningkatkan sensitiviti sintesis cDNA.
- Ia adalah jujukan nukleotida pendek untai tunggal.
Apakah Perbezaan Antara Primer Rawak dan Oligo dT?
April rawak ialah jujukan oligonukleotida pendek yang terdiri daripada jujukan rawak. Sementara itu, primer oligo dT ialah helai pendek yang terdiri daripada 12 hingga 18 deoxythymidines. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT. Urutan primer rawak ialah 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T atau C. Manakala, jujukan primer oligo dT ialah 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Oleh itu, kita boleh menganggap ini sebagai satu lagi perbezaan antara primer rawak dan oligo dT.
Selain itu, primer rawak tidak menunjukkan kekhususan templat, dan ia menyepuhlindap dengan mana-mana spesies RNA, manakala primer oligo dT menunjukkan kekhususan untuk poli(A) ekor mRNA eukariotik.
Infografik di bawah meringkaskan perbezaan antara primer rawak dan oligo dT.
Ringkasan – Primer Rawak lwn Oligo dT
Primer rawak dan primer oligo dT ialah dua jenis primer yang digunakan dalam sintesis cDNA. Primer rawak terdiri daripada campuran oligonukleotida, mewakili semua jujukan heksamer yang mungkin, manakala primer oligo dT ialah jujukan beruntai tunggal 12 hingga 18 deoxythymidines. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara primer rawak dan oligo dT. Selain itu, primer oligo dT berguna untuk transkripsi terbalik penuh RNA dengan ekor poli(A), manakala primer rawak berguna untuk transkripsi terbalik kebanyakan spesies RNA, termasuk RNA terdegradasi, RNA yang kekurangan ekor poli(A) dan RNA yang mengandungi struktur sekunder. Oleh itu, primer rawak tidak menunjukkan kekhususan templat manakala primer oligo dT menunjukkan kekhususan terhadap mRNA eukariotik yang mengandungi ekor poli(A).
